运筹学研究院的前身是1983年经山东省政府批准成立的运筹学研究所，著名数学家越民义任所长至1988年，在这之前，1960年夏天，著名数学家吴文俊、越民义，运筹学家孙克定（时任中国科学院数学研究所运筹学研究室主任）来曲阜师范学院，根据吴文俊的建议在当时的数学系成立运筹学研究室。

1988年，越民义任名誉所长，王长钰教授任所长，章志敏教授任副所长，后来陈广军、张庆水、张玉忠增补为副所长（1991年章志敏教授辞职，陈广军教授出国）。

2000年3月张玉忠任所长，李荣生、时贞军任副所长，2002年创建了运筹与管理学院，所长同时也成了院长，同年王宜举增补为副院长。运筹学研究所也是运筹与管理学院，2006年增补魏翠萍、屈彪分别为副所长、副院长。此时运筹与管理学院，已有工商管理、物流管理、市场营销等6个专业，在校生1000余人了。

2003年与数学学院、自动化研究所申报成功了应用数学博士点，实现了学校博士点零的突破。

2009年与数学学院联合申报成功了数学一级学科博士点。2010运筹与管理学院更名为管理学院，这时学科发展迅速，先是运筹与管理学院成功申报了系统科学硕士点，后来在张洪海校长支持下将系统科学换成了管理科学与工程一级学科硕士点。

2017年运筹学研究所更名为运筹学研究院。人员也与管理学院划分出来。目前运筹学研究院与数学院、管理学院一起建设数学一级学科博士点和博士后科研流动站。

“运筹学与控制论”是1981年国家首批硕士学位授权点。拥有山东省优秀教学团队-“运筹学”团队，山东省精品课-“运筹学”。主要研究方向有数学规划、组合最优化、经济管理、决策分析。自1978年招收运筹学研究生至今培养了40多届硕士研究生。从2004首届招收博士研究生至今近20届。

2010年从研究院中组建队伍，创建了管理学院，至今培养了5000名管理专业的本科、硕士研究生。

我校运筹学研究院是我国唯一的专门运筹学的科研单位。

其中骨干都是业内较有影响的运筹学专家学者。始终坚持运筹学的理论研究和应用研究，上世纪50年代末，当时数学系的师生们将运筹学应用于公社农业生产，编辑《公社数学》，毛泽东主席亲自翻阅并表扬；七十年代，开展了在水利系统的应用研究，科研成果被推广实施到个水库，效果显著，产生了较大的影响；八十年代，“长清模式”作为将运筹学最优化原理应用于农业实践的成功典范，在北到内蒙古巴盟长胜实验区，西至青海互助土族自治县，南到贵州等地的全国100余个县市进行推广，此项成果获省部级以上科技进步奖多项，并被国家科委列为中国和丹麦合作项目。1985年苏步青先生称“长清模式”为建国以来数学的五大应用成果之一（《文汇报》）。

自上世纪90年代末到本世纪初，运筹学课题组开展了黄河三角洲可持续发展战略模式的研究。对当地的气象、土壤、水文、地理进行了详细了解，对企业的运行状况、产品的科技含量以及市场占有率等进行了深入调查。搜集整理了21000个数据，发现了在实践中存在的运筹学课题。将所有企业分为18个行业，在生态环境得到保护，社会就业得到保障，资源合理利用的情况下，利用运筹学的最新理论和方法、系统工程的原理、计算机最新技术，设计出使经济尽可能快速发展的战略方案。方案实施后，产生了很大的经济效益全区18类大行业，由少数达标实现了多数达标，为保护环境、维护生态平衡、合理利用资源等起到了重要作用。成果“黄河三角洲可持续发展模式研究” 被鉴定为“达到国际先进水平，填补了国内空白”，获中国运筹学会一等奖、以及山东省科技进步奖。

2004年贯彻山东省委、省府重点发展蓝色经济区的精神与日照市合作，将在黄海三角洲可持续发展研究成果在日照市推广、实施，产生了显著的经济效益和广泛的社会效益，

2008年开始与日照港集团公司合作开展了研究生教育的产学研合作，对于铁运公司里面的运输调度问题进行研究，历时3年，效率明显提高，获得了山东省软科学一等奖。

2017年张玉忠任运筹学研究院院长，屈彪、柏庆国任副院长。

2021年柏庆国调任管理学院副院长，苏循团任运筹学研究院副院长。

自运筹学研究所（院）成立以来，培养硕士研究生500余名，博士研究生50余名。从曲阜走出去的运筹学优秀工作者有：中国运筹学会副理事长：修乃华（北京交通大学）、郭田德（中国科学院大学）

研究院主持完成50余项国家级项目。获得教育部、农业部、山东省科技进步奖30余，项。获得国家级优秀教学成果二等奖3项。

2017年贯彻山东省委、省府新旧动能转换精神，与山钢集团合作开展了“高端板材制备全流程关键装备故障诊断和质量管控技术研发与应用示范”，研究院负责用运筹学的理论与方法提高高端板材制备全流程的效率问题。

研究成果被《光明日报》、《中国青年报》、《文汇报》、《大众日报》、香港《大公报》、《China Daily》等多家媒体报道过。